1、概念不同：
（1）市域铁路指的是大都市市域范围内的客运轨道交通系统，服务于城市与郊区、中心城市与卫星城、重点城镇间等。
（2）地铁是在城市中修建的快速、大运量、用电力牵引的轨道交通，位于中心城区的线路基本设在地下隧道内，中心城区以外的线路一般设在高架桥或地面上。
2、性质不同：
（1）市域铁路车站距离短、密度大，设计速度宜为100~160公里/小时，平均站间距原则上不小于3公里，市域轨道交通属于广义城市轨道交通的范畴。
（2）地铁地铁是涵盖了城市地区各种地下与地上的路权专有、高密度、高运量的城市轨道交通系统。
3、特点不同：
（1）市域铁路以承担中心城市、组团城市、部分次中心城市之间的日常通勤、通学、购物、休闲、娱乐等交流需要的短途城际旅客为主，客流具有潮汐现象和明显的向心特点，早晚高峰更加明显，注重旅客出行的便捷性，全程旅行时间则应控制在1小时左右。
（2）铁路建于地底，可以节省地面空间，令地面地皮可以作其他用途，建于地底，可以减少地面的噪音，行驶路线不与其他运输系统（如地面道路）重叠、交叉，因此行车受到的 交通干扰较少，可节省大量通勤时间，地铁使用电能，没有尾气的排放，不会污染环境。
