在宋朝，掌管商运的机构主要是商行和州县官府。宋朝的商业繁荣，对商运起到了推动作用，为此政府建立了一整套商运管理机构。
首先是商行，商行是中央政府委派的特许经营机构。宋朝的商行分为内商和外商两种类型。内商是指在国内经营的商业机构。他们有专门的商行坊，例如汴京的四大坊，即金吉坊、忠孝坊、齐化坊和相德坊。商行坊内设有商行，商行的经营范围有专营货物、组织商人、出售商品等职能。
外商是指异域商人来到中国经商的商业机构，他们在中国的经商活动受到了政府的严格控制和管理。各方商人要想在中国开展经商活动，首先要向中央政府提出申请，经过严格的审查后才能获得许可证。外商商行为了争取到政府的认可和信任，会发送代表团，负责和中央政府进行商讨和交涉。
其次是州县官府，州县官府负责地方商业的管理和监督。他们的职责包括出售和储存粮食、水运、市场管理、商品质量监督等。在各州县设有市舶司，专门负责管理市舶事务，包括监管市场秩序、商品价格、征收关税等。另外，在一些重要的商埠和港口还设有专门的市舶监司，负责监管商船进出港口、检查货物和征收税费等。
此外，还有一些其他机构也在一定程度上参与了商运管理。例如，御史台是负责监察官吏和商行的机构，他们会定期巡视商行，监督商业活动是否合规；而户部则负责商业税收的征收和管理，负责商运所涉及的税费和其他波动。
总之，宋朝为了管理商运，建立了一套完整的机构体系。商行和州县官府作为两个主要的管理机构，对于商业的发展和商运的顺畅起到了重要的作用。同时，其他相关机构如御史台和户部等也发挥了自己的职能，共同维护了商运市场的秩序和稳定。
