药用侧柏一般在秋季采摘。具体来说，一般是在9月到11月之间的这个季节进行采摘。这个时候植物的药用部分更加丰满，含有的有效成分也较为高。需要注意的是，采摘药用侧柏时应该选择没有受到污染且生长良好的植株，避免采摘病虫害受到影响的植物。并且在采摘的过程中应该注意保护植物的生长点，避免对植株造成伤害。
